Bir elektroforez sistemi iki ana bileşenden oluşur: Güç Kaynağı ve Elektroforez Odası. Güç kaynağı güç sağlar. Bu durumda "güç" elektriktir. Güç kaynağından gelen elektrik, elektroforez odasının bir ucundan diğer ucuna tek yönde akar. Odanın katotu ve anodu zıt yüklü parçacıkları çeken şeydir.
Elektroforez odasının içinde bir tepsi, daha doğrusu bir döküm tepsisi bulunur. Döküm tepsisi aşağıdaki parçalardan oluşur: döküm tepsisinin altına giren cam plaka. Jel döküm tepsisinde tutulur. Adına "tarak" benziyor. Tarak, döküm tepsisinin yan tarafındaki yuvalara yerleştirilir. Sıcak, erimiş jel dökülmeden ÖNCE yuvalara yerleştirilir. Jel katılaştıktan sonra tarak çıkarılır. Tarağın "dişleri" jelde "kuyu" dediğimiz küçük delikler bırakır. Kuyucuklar sıcak, erimiş jelin tarağın dişleri etrafında katılaşmasıyla oluşur. Jel soğuduktan sonra tarak dışarı çekilerek kuyucuklar bırakılır. Kuyular, test etmek istediğiniz parçacıkları koyabileceğiniz bir yer sağlar. Kişi parçacıkları yüklerken jeli bozmamaya çok dikkat etmelidir. Jelin çatlaması veya kırılması muhtemelen sonuçlarınızı etkileyecektir.